凯恩斯在研读这批从未向世人公布过的秘密文件后，于1942年在英国皇家学会发表演说，将历史上这位最著名和最崇高的科学家描绘成一个受到争议的性格偏执者。凯恩斯对牛顿的重新评价值得我们正视和思考：“从18世纪以来，牛顿一向被认为是第一个，也是最伟大的近代科学家，是一个理性主义者，他教导我们作出冷静的思考和无偏的推理。可是现在我要说，我不认为如此，我不认为任何人在看完那一箱文件之后，还会把他看成是那样一位道德高尚的伟人。”
无独有偶，当今世界上最伟大的物理学家史蒂芬·霍金在《时间简史》一书中也对牛顿做过不客气的评价：牛顿不是一个讨人喜欢的人，他和其他院士的关系声名狼藉。他晚年的大部分时间都是在激烈的争吵中度过。他有意识地报复了皇家天文学家约翰·夫莱姆斯梯德，又与德国哲学家莱布尼茨发生了更为严重的冲突。莱布尼茨和牛顿各自独立地创造了微积分，尽管牛顿发现微积分要比莱布尼茨早若干年，但他很晚才出版自己的著作。于是，谁是微积分的第一创造者，成了当时科学界争吵的一件大事。
值得注意的是，大多数为牛顿辩护的文章均出自牛顿本人之手，只不过是用朋友的名义发表的。无奈的莱布尼茨只得请求英国皇家学会予以裁定，而作为皇家学会会长的牛顿指定了一个由牛顿自己的朋友所组成的“公正的”委员会来审查，更有甚者，牛顿自己写了委员会的报告，以皇家学会的名义发表，正式谴责莱布尼茨剽窃。
至于牛顿为什么痴迷于炼金术，也颇令人费解。人们很难相信，对财富并非极度渴望的牛顿，只是为了获取财富之源会花费那么多精力，但同样不能令人信服的是，他是在通过这种形式进行科学探索。那么只有一种解释可能较为可信———牛顿的自大，使他希望通过炼金术试验的成功来超越他那个时代和以往数百年间的竞争对手。
如果我们以今天的眼光来审视炼金术，我们应当承认它至少带来了一些有用的技术和工具。并且炼金术可能或多或少地激发了牛顿的灵感，有助于他在科学领域中的探索和发现。
