目前，3D打印技术的精度是0.1毫米，发展还很不成熟。虽然能打印几乎所有静态的形状，但对于运动的物体就很难实现了，更是难以保障其清晰度。在精益化生产、规模化生产方面，3D打印并不占优势。另外，3D打印虽然减少了切削等环节，却增加了软件、设计、材料等环节，如果加上产品合格率低造成的浪费，实际成本节省还是增加很难一概而论。实际上，打印成本偏高是不争的事实，每克成本10到100元，放在某些行业可能得不偿失。
其次，是安全隐患。
虽然3D打印出的手枪将“3D打印”带进了大家的视野，但同时也增加了人们对自身安全的忧虑。如今网络发达，一些枪械机件的数码模型非常容易传播，如何防止不法之徒利用3D打印制造杀伤性武器是3D打印普及面临的一个严峻问题。况且，此前有报道，3D打印手枪能躲过机场安检，该技术一旦普及，谁能保证没有狂热的枪支爱好者，故意让它逃脱金属探测仪的监控？在没有很好的安全防护政策出台之前，推行3D打印，是不是太冒险了？
第三，是道德与伦理的挑战。
2D平面时代，偷拍、艳照已经足够令人恐慌，如今3D时代来临，人们更应当做好屏蔽与自我保护，偷透扫、偷拍、平面照片直接转为3D等高科技的民用化将让人们防不胜防--透视扫描一个人体简直就是秒杀。如今，婚纱照都out了，3D打印机可以扫描坐在摄影机前的新娘形象，直接打印仿真人偶。上个月亦有报道称，东京秋叶原的“克隆工厂”提供3D打印真人克隆娃娃服务。人们在惊叹科学技术的神奇时，不得不引起隐私方面的恐慌。如果有人打印出一个一模一样的自己，恐怕这就不仅是侵犯肖像权的问题了。
虽然，打印出仿生器官可以治病救人，但是如果有人打印出生物器官或者活体组织，是否有违道德？道德不同于法律，很难界定，也很难规范。如果无法找到解决问题的方法，贸然普及3D打印技术，在不久的将来我们很可能将遇到极大的道德挑战。
第四，假冒产品将更加猖獗。
由于3D打印只需对物品进行扫描就可以克隆出难辨真假的仿真体，可以想见一些利欲熏心的厂商很可能利用该技术制造假冒伪劣产品。当赝品充斥整个市场的时候，恐怕我们只能“假作真时真亦假”了。
最后，3D打印更适合商用，没必要普及。
上面所说的打印器官，打印航空零件对于普通老百姓来说并没有什么吸引力，并不会引起其购买的欲望。况且其昂贵的价格也使老百姓望而却步。至于3D打印的日常用品，完全可以去商店购买，没必要自己制造。想要3D打印仿真娃娃，直接去3D照相馆就好了。如果非要提3D打印适合家庭使用的情况，只能说是3D打印食物了。不过，既然只需要烤箱就能烤出香喷喷的红薯，为什么还需要3D打印机，用制造红薯的材料，再层层堆叠的打印出那“一坨”呢？且不考虑打印食物是否如天然食物那般美味可口，但就其制作过程来说，真的是多此一举了。
虽然3D打印有一个长的历史，但是其快速发展也就近10年的时间。每一项新技术的发展都会遇到各种各样的困难，3D打印还很年轻，很不成熟，现在对其发展前景下个定论还为时过早，该技术能不能大规模普及，还得看其是否能很好的解决应用过程中的各种瓶颈。